En la mitología de la lengua lapina , el mundo fue creado por el dios Frith. Todos los animales eran herbívoros y vivían en armonía. Los conejos se multiplicaron y su apetito provocó escasez de alimentos. Frith ordenó al príncipe conejo, El-Ahrairah, que controlara a su pueblo, pero se burlaron de él. En represalia, Frith dio regalos especiales a cada animal, convirtiendo a algunos en depredadores para cazar conejos. Satisfecho de que El-Ahrairah haya aprendido la lección, Frith le da a los conejos los dones de la velocidad y la astucia.

En el presente, en una madriguera cerca de Sandleford , un vidente conejo llamado Fiver tiene una visión apocalíptica y lleva a su hermano mayor Hazel para rogar al jefe por la evacuación. El jefe los despide y ordena al Capitán Holly, el jefe de la fuerza policial de Owsla de la madriguera, que detenga a los que intentan irse. Fiver y Hazel junto con otros conejos llamados Bigwig, Blackberry, Pipkin, Dandelion, Silver y Violet logran escapar, pasando una señal (sin sentido para ellos) que confirma que se acerca un desarrollo residencial.

Viajan por el bosque, evitando varias situaciones peligrosas; hasta que Violet, la única cierva del grupo, es asesinada por un halcón . Los demás finalmente conocen a un conejo llamado Cowslip, quien los invita a su madriguera, donde un granjero deja abundantes verduras al grupo de Cowslip. Están agradecidos, pero Fiver se va cuando siente algo inquietante en la atmósfera. Bigwig lo sigue, reprendiendo a Fiver por causar tensión cuando una trampa atrapa a Bigwig. Los amigos de Bigwig logran liberarlo, y Fiver se entera de que el granjero está protegiendo y alimentando la madriguera de Cowslip para que pueda atrapar conejos para sus propias comidas. El grupo vuelve a su viaje.

Los conejos descubren Nuthanger Farm, que contiene una conejera de ciervos domesticados. Antes de que puedan liberar a las hembras, el gato y el perro de la granja las ahuyentan. Más tarde, son encontrados por el Capitán Holly, quien relata la destrucción de Sandleford por humanos y conejos viciosos llamados "Efrafans". Fiver finalmente encuentra la colina que imaginó, Watership Down , donde el grupo se instala con Hazel como su nueva jefa.

Pronto se hacen amigos de una gaviota de cabeza negra herida llamada Kehaar, que sale volando en busca de hembras. Esa noche, los conejos regresan a Nuthanger Farm para liberar a las hembras, pero un intento de liberarlas falla y termina con un disparo de Hazel. Fiver sigue una visión del mítico Conejo Negro hasta su hermano herido. Kehaar regresa y, mientras picotea perdigonesde la pierna de Hazel con su pico, informes de las muchas ciervas en la gran madriguera de Efrafa. El Capitán Holly lo describe como un estado totalitario peligroso, pero Hazel siente que deben ir allí. Bigwig se infiltra en la madriguera y su cruel jefe, el general Woundwort, lo convierte en oficial de Owsla. Bigwig recluta a varios fugitivos potenciales para su causa, incluidos Blackavar y Hyzenthlay. Con la ayuda de Kehaar, los fugitivos encuentran un bote para flotar río abajo. Esa noche, Kehaar parte hacia su tierra natal con la gratitud de la madriguera.

Los rastreadores de Efrafan finalmente encuentran Watership Down. Woundwort rechaza la oferta de paz de Hazel y exige que todos los desertores sean entregados o Watership Down será aniquilado. Mientras los conejos de Watership bloquean su madriguera, Fiver entra en trance, en el que imagina a un perro suelto en el bosque. Sus murmullos inspiran a Hazel a intentar liberar al perro de la granja y llevarlo a los Efrafans. Cuando llegan a la granja, Hazel desata al perro y lo suelta mientras Blackberry, Dandelion y Hyzenthlay se usan como cebo para que el animal los siga. Mientras tanto, cuando los Efrafan rompen las defensas de la madriguera, Woundwort entra solo; Blackavar lo ataca pero muere fácilmente. Bigwig embosca a Woundwort y luchan hasta detenerse. Cuando llega el perro y comienza a atacar a los Efrafans, Woundwort abandona a Bigwig y ataca sin miedo al perro. Sin embargo, nunca se encuentra ningún rastro de Woundwort, lo que deja su destino en un misterio.

Varios años después, una anciana Hazel recibe la visita de un extraño conejo fantasmal, quien lo invita a unirse a su propio Owsla, asegurándole la seguridad perpetua de Watership Down. Tranquilizada, Hazel acepta y muere en paz. Su espíritu sigue al visitante a través del bosque y los árboles hacia el Sol, que se metamorfosea en Frith y el más allá , mientras se escucha una vez más el consejo de despedida de Frith a El-Ahrairah.